یکی از مهمترین مواردی که در نگارش پایان نامه ها باید به آن توجه کرد ، اصول نگارش و استفاده از نرم افزار های مرتبط با موارد مختلف در متن پایان نامه است. از جمله نرم افزار MathType در نگارش معادلات ریاضی ، استفاده از نرم افزارهای Mendeley و EndNote به منظور نگارش و درج مراجع در متون پایان نامه و همچنین قالب استاندارد متون پایان نامه می باشد. یکی از مهم ترین ایراد هایی که نگارش دستی و بدون رعایت اصول و ساختار استاندارد در متون پایان نامه به وجود می آید تغییرات دستی می باشد که با کوچکترین تغییر در متن نیاز است که کل متن به صورت کامل ویرایش شود و یا از یک قالب یکسان برای تمام معادلات و همچنین مراجع در متن استفاده نشود ، از همه مهمتر برای تغییر در شماره ی اشکال ، جداول و مراجع چنانچه از اصول استاندارد و نگارش ساختاری استفاده نشود مشکلات بسیار زیادی در کل متن به وجود می آید که نیاز به باز بینی دقیق متن از ابتدا تا انتهاست در حالی که اگر از این روش استفاده شود کوچکترین نیازی به بازبینی در کل متن نیست و به صورت خودکار و استاندارد تمامی اصلاحات در متن اعمال می شود.